Algoritmos em Biologia Computacional

 
"... In the field of biology, I think we can confidently predict that it's going to have rich problems to solve for at least 500 years. I can't make that claim for computer science."
Donald Knuth -
Notices of AMS Volume 49, Number 3, 2001.


Bibliografia  Bibliografia


  Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Dan Gusfield.
Livro texto do curso - considerado, por muitos, o melhor livro sobre processamento de strings. De uma forma geral o  livro é denso, e voltado para o lado matemático. Eu considero o livro excelente.

Introduction to Computational Molecular Biology, Setubal, Meidanis.
Este livro apresenta uma visão ampla da área de biologia molecular computacional, contudo ele não é tão rigoroso quanto o livro do Gusfield. Uma observação: os autores são brasileiros.  

Introduction to Computational Molecular Biology - An algorithmic Approach, Pavel Pevzner.
Este livro visa apresentar uma visão matemática e algorítmica da área de biologia computacional. Infelizmente, na minha opinião, o autor foi incapaz de criar um livro legível.

Genomes, Terence Brown.
Este livro é uma ótima fonte para quem deseja aprender a respeito de genômica de uma forma clara e didática. Note que o livro está totalmente disponível no endereço http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=genomes.TOC&depth=2
 


Notas de AulaNotas de Aula

  • Conceitos Introdutórios de Biologia Molecular   

  • Casamento Inexato, Alinhamento de sequências e Programação Dinâmica

  • Distância de Edição com peso nas operações e Casamento Aproximado de Padrões

  • Alinhamento Local








Exercicios Exercícios




Resultados Resultados




Recursos


Pessoas que ensinam cursos de bioinformática e suas páginas pessoais


Indicações para os Escribas

Você deverá enviar um e-mail para o Professor  (berilhes@inf.ufes.br) 
Arquivo de amostra:
  • lecture.tex: Você deverá incluir este arquivo em seu documento. Este define alguns ambientes simples (por exemplo: clamor, teorema, prova, etc). Este arquivo também permite que você crie o seu próprio rótulo utilizando o comando \lecture. O comando \lecture requer 4 argumentos : {número da aula}{título da aula}{data}{nome do escriba}.
  • lecture02.tex: comece suas notas de aula a partir deste modelo. Este possui alguns exemplos de novos ambientes que nós definimos.
Obsevações:
  • Figuras
    • Você deve utilizar xfig para gerar arquivos .eps para as figuras que você quer incluir. Prefix seus arquivos .eps com o número da aula (por exemplo: 1.fig1.eps).
  • Por favor não utilize macros/ambientes Latex personalizados!!! Nós gostaríamos de manter as notas de aula padronizadas.
Recursos Latex: